Если в 1620-х - 1650-х гг. центральная московская власть последовательно внедряла в Сибири общие нормы церковного суда, а также стремилась использовать Церковь для контроля и получения информации о злоупотреблениях местной светской власти, то во второй половине ХVII в. ситуация постепенно меняется. Союз Церкви и Государства при освоении новых восточных территорий, базировавшийся на византийской теории «симфонии» никогда полностью этой идеальной теории не соответствовал. Государство в Сибири не только оказывало весомую материальную и административную поддержку становлению и функционированию церковной организации на новых землях, но и не раз вмешивалось в чисто духовные дела - вроде назначения клириков к сибирским церквям и монастырям, замены листов в богослужебных книгах или молебнов по случаю освидетельствования присланной шахом Аббасом ризы Христовой[13]. Царская власть была изрядно напугана попыткой патриарха Никона поставить «священство» выше «царства» и конфликт этот сказывается в Сибири сокращением архиерейских прав надзора над воеводской администрацией. А в самом конце XVII в. обнаруживаются немалые злоупотребления «десятильников» (светских чиновников архиерейского дома) в сфере духовного суда. Расследование этих злоупотреблений привело к острому конфликту между архиерейской и воеводской властью, и Москва решительно выступает в защиту последней, ограничивая в канун петровских реформ права духовного суда в Сибири[14].
