Когда бегаешь, то начинаются проблемы с коленями. Главная профилактика это соблюдать технику бега и пользоваться нормальными беговыми кроссовками, а не недоразумением с китайского рынка. Но, все равно бывает, что после пробежки некомфорт в колене случится. Хорошее упражнение тут, ходьба на коленях по мягкому, типа ковра, мата или коврика туристического. Вариант облегченный ходить на 4 костях), вариант затрудненный - стоя на коленях, взять стопы сзади руками и так ходить.
Второе упражнение, которое лучше в комплексе с первым это закачка колена. В качалке для этого специальный станок имеется, но легко делать и дома, вариантов масса. Суть упражнения - разгибание голени из положения сидя или лежа до прямого состояния ноги с сопротивлением. Можно или руками (другой ногой) делать самосопротивление, или резину использовать, или вес привязывать.
Насколько могу по опыту судить, эти упражнения более эффективны, чем всяческие мази и таблетки. Единственно, что делать надо месяца три, и очень аккуратно, чтобы не было явной боли, связки долго восстанавливаются.